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Segundo os adeptos da medicina alternativa, ao liberar regularmente o intestino dos referidos resíduos, todo o organismo deve se beneficiar em termos de saúde, uma vez que um trato entérico "intoxicado" seria capaz de criar problemas não só para o aparelho digestivo, mas também para outros aparelhos e sistemas do corpo, com consequências negativas sobre todo o estado de saúde do indivíduo.
A desintoxicação intestinal na medicina alternativa é praticada através de uma limpeza do intestino que pode ocorrer através da adoção de um determinado tipo de dieta, com a presunção de determinados remédios naturais e com a execução de lavagens intestinais.
Apesar do crescente número de pessoas que se aproximam desses tratamentos alternativos, não há evidências científicas que possam confirmar os benefícios. Pelo contrário, o uso desses tratamentos alternativos pode levar ao aparecimento de efeitos colaterais mais ou menos graves.