A farmacopéia oficial contém métodos gerais de avaliação química e biológica. A farmacognosia, entretanto, também emprega métodos muito mais sofisticados, como os espectroscópicos e cromatográficos.
A avaliação da qualidade dos medicamentos do ponto de vista químico proporciona uma análise forte e aprofundada, peculiar à capacidade analítica dos instrumentos utilizados; em outras palavras, um medicamento é avaliado com base na quantidade e qualidade dos princípios ativos nele contidos, que são decisivos de forma analiticamente precisa graças a instrumentos cromatográficos de extrema precisão. Dentre essas técnicas cromatográficas encontramos: cromatografia gasosa, massa gasosa, HPLC (cromatografia líquida em coluna), cromatografia de troca iônica e cromatografia de placa (TLC, HPTLC) .Todos são métodos que utilizam o princípio cromatográfico na avaliação da quantidade qualitativa do produto químico substâncias presentes em um fitocomplexo Portanto, esses instrumentos permitem avaliar o fármaco como fitocomplexo, a quantidade e a qualidade das classes químicas individuais, sua proporção e a quantidade do princípio ativo caracterizador.
Para avaliar o fitocomplexo é importante adotar as estratégias mais adequadas para sua extração, pois não existe método analítico que não tenha sido precedido por uma extração. As extrações são necessárias para que o técnico-farmacologista avalie o medicamento ou, eventualmente, para obter elementos de "uso desse medicamento, que podem ser colocados diretamente na indústria terciária de processamento. Os métodos extrativos permitem obter as categorias de princípios ativos consideradas importantes na classificação qualitativa do fármaco, ou extrair seletivamente uma ou mais categorias consideradas expressão de sua atividade.
Os ingredientes ativos são geralmente moléculas de glicosídeos, alcalóides, terpenos, antraquinonas; todos os metabólitos secundários que são uma expressão da biologia relacional do organismo; no entanto, também existem moléculas derivadas do metabolismo primário de interesse para a saúde, como carboidratos (amido e seus derivados, celulose e seus derivados), proteínas e, em particular, enzimas proteolíticas ( papaína ou bromelaína).
Antes de proceder à “extração de princípios ativos de um medicamento, é necessário considerar a caracterização físico-química do medicamento”; ou seja, antes de se extrair um princípio ativo é necessário conhecer bem a sua natureza química em termos de polaridade, pois o processo de extração se reduz essencialmente à associação de um solvente adequado ao fármaco, sendo este solvente quimicamente semelhante ao princípio para ser extraído, remove-o seletivamente do fitocomplexo remanescente, quanto mais essa afinidade química é acentuada, melhor será a extração ("semelhante se dissolve semelhante"). Portanto, é essencial saber, do ponto de vista fitoquímico, o princípio a ser extraído, para associar a ele o solvente ou mistura de solventes mais semelhante.
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