A digestão dos carboidratos começa na cavidade oral e continua no intestino, onde os vários nutrientes são absorvidos. O objetivo desse processo é a hidrólise dos dissacarídeos, oligossacarídeos e polissacarídeos nos monossacarídeos individuais que os constituem, a fim de torná-los absorvível pela mucosa intestinal. Pelo que foi dito, os açúcares introduzidos na dieta, como a glicose e a frutose, não requerem nenhum processo digestivo e são absorvidos como tal. A glicose, em particular, é absorvida por transporte ativo, enquanto a frutose atravessa a mucosa intestinal por difusão facilitada; segue-se que a levulose é absorvida mais lentamente e isso contribui para diminuir o índice glicêmico.
O amido constitui a parte preponderante dos carboidratos complexos ingeridos em uma dieta balanceada; consiste em muitas unidades de glicose unidas de maneira linear (amilose) e ramificada (amilopectina) e é introduzida principalmente por meio de batatas, legumes, cereais e derivados, como massas e pão. Sua digestão começa na boca, onde é atacada pelas α-amilases salivares, que liberam maltose e isomaltose (dissacarídeos formados pela associação de duas unidades de glicose, unidas respectivamente pelas ligações α-1,4 e α-1,6), maltotriose (desta vez, são três moléculas de glicose) e dextrinas (7 a 9 unidades de glicose, com a presença de um ramo) cavidade oral.
A atividade das α-amilases salivares cessa no estômago, devido à acidez que caracteriza o meio gástrico. A digestão dos carboidratos é retomada e se completa no intestino delgado, graças à ação combinada dos sucos pancreáticos e intestinais. Em primeiro lugar, há uma enzima α-amilase semelhante à salivar, que transforma o amido em maltose e dextrinas. Estes não podem ser hidrolisados pelas amilases pancreáticas e sofrem a ação de enzimas deram-se especiais (α-1,6 glicosidase, α-dextrinase ou isomaltase) presentes nas células epiteliais do intestino delgado. Nesse nível, encontramos outras enzimas envolvidas na digestão de dissacarídeos; a sacarase, por exemplo, leva à formação de glicose e frutose a partir de uma molécula de sacarose e proporciona a hidrólise da maltose e da maltotriose em sinergia com a enzima maltase; finalmente, a lactase digere o açúcar do leite, quebrando-o em glicose e galactose (a deficiência dessa enzima, muito comum na idade adulta, principalmente nas populações negras, é responsável pela intolerância à lactose).
Assim que a digestão dos carboidratos nos monossacarídeos individuais que os constituem estiver completa, os açúcares estarão prontos para serem absorvidos. Como antecipado, essa absorção pode ocorrer por difusão facilitada (frutose) ou por transporte ativo (glicose, galactose).
Nem todos os carboidratos introduzidos na dieta são digeríveis e até o próprio amido, especialmente se cru, pode ser difícil de digerir. Alguns vegetais, como os legumes, contêm, por exemplo, oligossacarídeos indigeríveis (rafinose, verbascose e estaquiose). O mesmo vale para a fibra alimentar, incluindo a celulose. Em vez disso, a digestão desses carboidratos é possível para outros animais, como ruminantes, e para as bactérias presentes em nosso intestino grosso. Esses microrganismos fermentam a fibra alimentar, produzindo ácidos graxos com efeito laxante, trófico para a mucosa do cólon e precioso para a saúde geral de todo o organismo.